Andrea Franceschini

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About

  • 2010-2015 responsible (R&D) for the STRING protein-protein interaction database: http://www.string-db.org
  • 2012-2016 responsible for the bioinformatics analysis of several pathogen Genome Wide siRNA screens performed in Switzerland (UZH, ETH, Novartis Biozentrum), in the context of SystemsX (http://www.systemsx.ch/)

Interests

sailing hiking skiing swimming

IIT Publications

  • 2016
  • Franceschini A., Lin J., Von Mering C., Jensen L.J.
    DOI

    SVD-phy: Improved prediction of protein functional associations through singular value decomposition of phylogenetic profiles

    Bioinformatics, vol. 32, (no. 7), pp. 1085-1087
  • Bultet L.A., Aguilar-Rodriguez J., Ahrens C.H., Ahrne E.L., Ai N., Aimo L., Akalin A., Aleksiev T., Alocci D., Altenhoff A., Alves I., Ambrosini G., Pedone P.A., Angelino P., Anisimova M., Appel R., Argoud-Puy G., Arnold K., Arpat B., Artimo P., Ascencao K., Auchincloss A., Axelsen K., Gerritsen V.B., Bairoch A., Bansal P., Baratin D., Barbato A., Barbie V., Barras D., Barreiro M., Barret S., Bastian F., Neto T.B., Baudis M., Beaudoing E., Beckmann J.S., Bekkar A.K., Ben Hamida Cammoun L., Benmohammed S., Bernard M., Bertelli C., Bertoni M., Bienert S., Bignucolo O., Bilbao A., Bilican A., Blank D., Blatter M.-C., Blum L., Bocquet J., Boeckmann B., Bolleman J.T., Bordoli L., Bosshard L., Bouchet G., Bougueleret L., Boutet E., Bovigny C., Bratulic S., Breuza L., Bridge A.J., Britan A., Brito F., Frazao J.B., Bruggmann R., Bucher P., Burdet F., Burger L., Cabello E.M., Gomez R.M.C., Calderon S., Cannarozzi G., Carl S., Casas C.C., Catherinet S., Perier R.C., Charpilloz C., Chaskar P.D., Chen W., Pepe A.C., Chopard B., Chu H.Y., Civic N., Claassen M., Clottu S., Colombo M., Cosandier I., Coudert E., Crespo I., Creus M., Cuche B., Cuendet M.A., Cusin I., Daga N., Daina A., Dauvillier J.O., David F., Davydov I., De Sa Ricca Manadelo Ferreira M., De Beer T., De Castro E., De Santana C., Delafontaine J., Delorenzi M., Delucinge-Vivier C., Demirel O., Derham R., Dermitzakis E.M., Dib L., Diene S., Dilek N., Dilmi J., Domagalski M.J., Dorier J., Dornevil D., Dousse A., Dreos R., Duchen P., Roggli P.D., Duperret I.D., Durinx C., Duvaud S., Engler R., Erkek S., Lopez P.E., Estreicher A., Excoffier L., Fabbretti R., Falcone J.-L., Falquet L., Famiglietti M.L., Ferreira A.-M., Feuermann M., Filliettaz M., Flegel V., Foucal A., Franceschini A., Fucile G., Gaidatzis D., Garcia V., Gasteiger E., Gateau A., Gatti L., Gaudet P., Gaudinat A., Gehant S., Gfeller D., Gharib W.H., Ghraichy M., Gidoin C., Gil M., Gleizes A., Gobeill J., Gonnet G., Gos A., Gotz L., Gouy A., Grbic D., Groux R., Gruaz-Gumowski N., Grun D., Gschwind A., Guex N., Gupta S., Getaz M., Haake D., Haas J., Hatzimanikatis V., Heckel G., Gardiol D.F.H., Hinard V., Hinz U., Homicsko K., Horlacher O., Hosseini S.-R., Hotz H.-R., Hulo C., Hundsrucker C., Ibberson M., Ilmjarv S., Ioannidis V., Ioannidis P., Iseli C., Ivanek R., Iwaszkiewicz J., Jacquet P., Jacquot M., Jagannathan V., Jan M., Jensen J., Johansson M.U., Johner N., Jungo F., Junier T., Kahraman A., Katsantoni M., Keller G., Kerhornou A., Khalid F., Klingbiel D., Komljenovic A., Kriventseva E., Kryuchkova N., Kumar S., Kutalik Z., Kuznetsov D., Kuzyakiv R., Lane L., Lara V., Ledesma L., Leleu M., Lemercier P., Lew D., Lieberherr D., Liechti R., Lisacek F., Lischer H., Litsios G., Liu J., Lombardot T., Mace A., Maffioletti S., Mahi M.-A., Maiolo M., Majjigapu S.R., Malmstrom L., Mangold V., Marek D., Mariethoz J., Marin R., Martin O., Martin X., Martin-Campos T., Mary C., Masclaux F., Masson P., Meier C., Messina A., Lenoir M.M., Meyer X., Michel P.-A., Michielin O., Milanese A., Missiaglia E., Perez J.M., Caria V.M., Moret P., Moretti S., Morgat A., Mottaz A., Mottin L., Mouscaz Y., Mueller M., Murri R., Mylonas R., Neuenschwander S., Nikitin F., Niknejad A., Nouspikel N., Nso L.N., Okoniewski M., Omasits U., Paccaud B., Pachkov M., Paesano S.G., Pagni M., Palagi P.M., Pasche E., Payne J.L., Pedruzzi I., Peischl S., Peitsch M., Perlini S., Pilbout S., Podvinec M., Pohlmann R., Polizzi D., Potter D., Poux S., Pozzato M., Pradervand S., Praz V., Pruess M., Pujadas E., Racle J., Raschi M., Ratib O., Rausell A., De Laval V.R., Redaschi N., Rempfer C., Ren G., Vahdati R.A.R., Rib L., Grognuz O.R., Altimiras E.R., Rivoire C., Robin T., Robinson-Rechavi M., Rodrigues J., Roechert B., Roelli P., Romano V., Rossier G., Roth A., Rougemont J., Roux J., Royo H., Ruch P., Ruinelli M., Sater M.R.A., Rohrig U.F., Rueger S., Salamin N., Sankar M., Sarkar N., Saxenhofer M., Schaeffer M., Schaerli Y., Schaper E., Schmid A., Schmid E., Schmid C., Schmid M., Schmidt S., Schmocker D., Schneider M., Schuepbach T., Schwede T., Schutz F., Sengstag T., Serrano M., Sethi A., Shahmirzadi O., Sigrist C., Silvestro D., Neto F.A.S., Simillion C., Simonovic M., Skunca N., Sluzek K., Soneson C., Sprouffske K., Stadler M., Staehli S., Stevenson B., Stockinger H., Straszewski J., Stricker T., Studer G., Stutz A., Suffiotti M., Sundaram S., Szklarczyk D., Ovenyi P.S., Tegenfeldt F., Teixeira D., Tellenbach S., Smith A.A.T., Tognolli M., Topolsky I., Van Du Tran T., Tsantoulis P., Tzika A.C., Agote A.U., Van Nimwegen E., Von Mering C., Varadarajan A., Veranneman M., Verbregue L., Veuthey A.-L., Vishnyakova D., Vyas R., Wagner A., Walther D., Wan H.W., Wang M., Waterhouse R., Waterhouse A., Wicki A., Wigger L., Wirapati P., Witschi U., Wyder S., Wyler K., Wuthrich D., Xenarios I., Yamada K., Yan Z., Yasrebi H., Zahn M., Zangger N., Zdobnov E., Zerzion D., Zoete V., Zoller S., Abriata L., Aebischer T., Akhmedov M., Filho A.A.M., Andreozzi S., Appel N., Armand F., Arribas A., Asgari S., Ataman M., Audagnotto M., Aydin D., Bady P., Bank C., Barac D., Bargeton B., Barido-Sottani J., Barillari C., Bartha I., Bean A., Becker J., Beerenwinkel N., Bellement G., Benedetti F., Bergmann S., Berneche S., Bevers R., Biasse D., Bichsel M., Bieler J., Piccini A.P.B., Do Amaral M.B., Bolliger C., Boskova V., Brown A., Bryois J., Buil A., Cannavo R., Cardner M., Carelli F.N., Carmona S., Cascione L., Chakrabarti A., Chaturvedi N., Choobdar S., Clivaz C., Constantinescu S., Corre T., Quezada D.C.C., Croce R., Cuendet A., Cui J., Dainese R., Dal Peraro M., Dallavilla T., De Oliveira L., Delaleu N., Delaneau O., Deplancke B., Dharmarajan L., Diekmann M., Dimitrakopoulos C., Dimitriades-Schmutz B., Dimitrova Y., Dirmeier S., Dobay M.P., Dougoud M., Duc J., Dumont G., Du Plessis L., Dorr D., Elfstroem K., Elmer F.-J., Ewing G.B., Fanaswala I., Fellay J., Feller C., Fengos G., Ferrer A., Fiaux S., Field C., Finci I., Fofonjka A., Fonti G., Fried P., Frochaux M., Fuentes J., Galbusera L., Galimberti M., Garcia-Albornoz M., Garcia-Escudero R., Garieri M., Georgieva L., Ghiurcuta C.G., Ghosh S., Gnann A., Gnuegge R., Golumbeanu M., Gomez H., Goudet J.O., Gruber A.J., Gruhl F., Guethe S., Guillot E., Guimaraes J., Gumienny R.W., Gunawan R., Gustafson K., Gypas F., Hadadi N., Hameri T., Hammer C., Heer F., Heller D.M., Hersch M., Hofmann A.L., Howald C., Hutter S., Iber D., Irwin K., Jahn K., Jedlinski D., Jethava V., Jorjani H., Julou T., Kaessmann H., Kalantzi A., Kanitz A., Kapopoulou A., Karamasioti E., Karimaddini Z., Keller I., Kiparissides A., Kohler M., Kousathanas A., Kuipers J., Kupczyk P., Kwee I., Kuhnert D., Lakshmanan L.N., Lamparter D., Lang B., Laurent S., Laurent S., Leigh D., Lin Y., Lindsay H., Link V., Linnik J., Liphardt T., Liu Y., Loetscher A., Luomi A.O., Lykov K., Machlab D., Magnus C., Maillard-Wermelinger A., Malafeev A., Malaspinas A.-S., Parera R.M., Manesso E., Manukyan L., Mapelli S.N., Marbach D., Lopez M.J.M., Wynn M.M., Martin G., Martins A.F., Matthes K., Mazza C., McDaid A., Mermet J.O., Michos O., Milinkovitch M.C., Misios A., Miskovic L., Mitov V., Mitra A., Mittal N., Montazeri H., Moret B., Naef F., Nair N., Nicolas D.L., Nicolet S., Noh H., Nowicka M., Oeyaas O., Omidi S., Ongen H., Ormond L., Ottoz D., Panousis N., Gao N.P., Modarres H.P., Pecerska J., Vieira J.P., Pivkin I., Planet E., Cespedes S.P., Pradhan R., Prados J., Racko D., Radigois M.-F., Rasmussen D., Riba A., Rinn B., Rivoal M., Robinson M., Rossi S., Rudolf F., Rueedi R., Ruscheweyh H.-J., Rybinski M., Rzepiela A.J., Sakoparnig T., San Roman Rincon M.M., Savoglidis G., Scepanovic P., Schaad O., Schleiss R., Schmich F., Schmidt R., Schulthess S., Schwalie P.C., Seifert D., Seijo M., Shao M., Shim H., Singer J., Sobel J., Soh K.C., Flitman R.S., Soto S., Sousa V., Stadler T., Stasiak A., Stefani A., Steger Y., Stelling J., Stopka A., Stevant I., Sunnaker M., Syed A.P., Tamo G., Tanaka S., Theiler G., Thorball C.A.W., Thurnherr T., Ccenhua M.R.T., Tidin O., Tokic M., Riera M.T., Tomasini M., Tymoshenko S., Ud-Dean M., Urchueguia A., Quintero N.V., Vinckenbosch L., Vinuela A., Vollmer J., Voordijk S., Wang J., Wang Z., Warnefors M., Weber L.M., Wegmann D., Whitehead E., Wicky A., Widmer L., Ye M., Yerly F., Yeung J., Yordanov P., Zavolan M., Zehnder T., Zhang C., Zhou X., Zisaki A., Zoller B., Zollinger A.
    DOI

    The SIB Swiss Institute of bioinformatics' resources: Focus on curated databases

    Nucleic Acids Research, vol. 44, (no. D1), pp. D27-D37
  • 2015
  • Szklarczyk D., Franceschini A., Wyder S., Forslund K., Heller D., Huerta-Cepas J., Simonovic M., Roth A., Santos A., Tsafou K.P., Kuhn M., Bork P., Jensen L.J., Von Mering C.
    DOI

    STRING v10: Protein-protein interaction networks, integrated over the tree of life

    Nucleic Acids Research, vol. 43, (no. D1), pp. D447-D452
  • 2014
  • Meier R., Franceschini A., Horvath P., Tetard M., Mancini R., von Mering C., Helenius A., Lozach P.-Y.
    DOI

    Genome-wide small interfering RNA screens reveal VAMP3 as a novel host factor required for uukuniemi virus late penetration

    Journal of Virology, vol. 88, (no. 15), pp. 8565-8578
  • Franceschini A., Meier R., Casanova A., Kreibich S., Daga N., Andritschke D., Dilling S., Ramo P., Emmenlauer M., Kaufmann A., Conde-Alvarez R., Low S.H., Pelkmans L., Helenius A., Hardt W.-D., Dehio C., Von Mering C.
    DOI

    Specific inhibition of diverse pathogens in human cells by synthetic microRNA-like oligonucleotides inferred from RNAi screens

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 111, (no. 12), pp. 4548-4553
  • 2013
  • Franceschini A., Szklarczyk D., Frankild S., Kuhn M., Simonovic M., Roth A., Lin J., Minguez P., Bork P., Von Mering C., Jensen L.J.
    DOI

    STRING v9.1: Protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration

    Nucleic Acids Research, vol. 41, (no. D1)
  • 2012
  • Kuhn M., Szklarczyk D., Franceschini A., Von Mering C., Jensen L.J., Bork P.
    DOI

    STITCH 3: Zooming in on protein-chemical interactions

    Nucleic Acids Research, vol. 40, (no. D1)
  • 2011
  • Szklarczyk D., Franceschini A., Kuhn M., Simonovic M., Roth A., Minguez P., Doerks T., Stark M., Muller J., Bork P., Jensen L.J., Von Mering C.
    DOI

    The STRING database in 2011: Functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored

    Nucleic Acids Research, vol. 39, (no. SUPPL. 1)
  • 2009
  • Kuhn M., Szklarczyk D., Franceschini A., Campillos M., Von Mering C., Jensen L.J., Beyer A., Bork P.
    DOI

    STITCH 2: An interaction network database for small molecules and proteins

    Nucleic Acids Research, vol. 38, (no. SUPPL.1)
  • 2007
  • Masseroli M., Bellistri E., Franceschini A., Pinciroli F.
    DOI

    Statistical analysis of genomic protein family and domain controlled annotations for functional investigation of classified gene lists

    BMC Bioinformatics, vol. 8, (no. SUPPL. 1)
  • 2006
  • Maffezzoli A., Franceschini A., Bellistri E., Pinciroli F., Masseroli M.

    Genomic functional investigation through statistical analysis of protein families and domains.

    AMIA ... Annual Symposium proceedings / AMIA Symposium. AMIA Symposium